Même si son architecture reste la même qu'à l'époque de sa construction, un chapelle funéraire a été ajouté à l'église à la fin de l'invasion latine dans le 13e siècle.
Après la reconquête, l'église fut conservée par Chrétiens et utilisé comme couvent. En 1455, le patriarcat a été déplacé ici et il a continué son service en tant que patriarcat jusqu'à 1586. Entre les années de 1574-1595, l'église fut transformée en mosquée par Sultan Murat III et reçut le nom de Fethiye. Après la fondation de la république, une partie de la mosquée a été transformée en musée Fethiye et le musée a été transformé en une unité du musée Sainte-Sophie après avoir été réparé en 1938-1940.
Si vous êtes un amateur de fresques du 14ème siècle, il est fortement recommandé de mettre la visite du musée Fethiye et du musée Chora dans votre liste de choses à faire lors de la planification de votre voyage à Istanbul.
