Въпреки че архитектурата ѝ е останала същата като от времето, когато е била построена, към църквата е добавен надгробен параклис в края на латинското нашествие през 13 век.
След повторното завладяване църквата е била пазена от християни и използвана като манастир. През 1455 г. патриаршията е преместена тук и продължава службата си като патриаршия до 1586 г. Между 1574 и 1595 г. църквата е превърната в джамия от султан Мурат III и получава името Фетхие. След основаването на републиката част от джамията е превърната в музей във Фетхие, а музеят е превърнат в звено на музея „Света София“ след ремонта му през 1938 – 1940 г.
Ако сте фен на стенописите от 14-ти век, силно се препоръчва да включите посещението на музея Фетие и музея Хора в списъка си със задачи, докато планирате пътуването си до Истанбул.
