على الرغم من أن هندستها المعمارية لا تزال كما هي منذ وقت بنائها، فقد تمت إضافة مصلى جنائزي إلى الكنيسة في نهاية الغزو اللاتيني في القرن الثالث عشر.
بعد استعادة المدينة، احتفظ المسيحيون بالكنيسة واستخدموها كدير. وفي عام ١٤٥٥، نُقلت البطريركية إلى هنا، واستمرت في أداء مهامها كبطريركية حتى عام ١٥٨٦. وبين عامي ١٥٧٤ و ١٥٩٥ ، حوّل السلطان مراد الثالث الكنيسة إلى مسجد ، وسُمّيت فتحية. وبعد تأسيس الجمهورية، حُوِّل جزء من المسجد إلى متحف فتحية، ثم أصبح المتحف وحدة تابعة لمتحف آيا صوفيا بعد ترميمه بين عامي ١٩٣٨ و ١٩٤٠.
إذا كنت من محبي اللوحات الجدارية التي تعود إلى القرن الرابع عشر، فمن المستحسن بشدة أن تضع زيارة متحف فتحية ومتحف تشورا في قائمة مهامك أثناء التخطيط لرحلتك إلى إسطنبول.
