Несмотря на то, что архитектура церкви осталась неизменной со времен ее постройки, в конце латинского нашествия в XIII веке к ней была пристроена часовня с гробницами .
После Реконкисты церковь оставалась в собственности христиан и использовалась как монастырь. В 1455 году сюда был перенесен патриархат, который продолжал свою деятельность в качестве патриархата до 1586 года . В период с 1574 по 1595 год султан Мурат III превратил церковь в мечеть и дал ей название Фетхие. После основания республики часть мечети была преобразована в музей Фетхие , а сам музей после ремонта в 1938–1940 годах стал частью музея Святой Софии.
Если вы являетесь поклонником фресок 14-го века, настоятельно рекомендуется включить посещение музея Фетхие и музея Хора в свой список дел при планировании поездки в Стамбул.
