Obwohl die Architektur der Kirche seit ihrer Erbauung unverändert geblieben ist, wurde ihr am Ende der lateinischen Invasion im 13. Jahrhundert eine Grabkapelle hinzugefügt.
Nach der Rückeroberung blieb die Kirche im Besitz von Christen und wurde als Kloster genutzt. 1455 wurde das Patriarchat hierher verlegt und diente bis 1586 als solches . Zwischen 1574 und 1595 wurde die Kirche von Sultan Murat III. in eine Moschee umgewandelt und erhielt den Namen Fethiye. Nach der Gründung der Republik wurde ein Teil der Moschee zum Fethiye-Museum umgebaut, das nach Restaurierungsarbeiten von 1938 bis 1940 Teil des Hagia-Sophia-Museums wurde.
Wenn Sie ein Fan von Fresken aus dem 14. Jahrhundert sind, empfehlen wir Ihnen dringend, bei der Planung Ihrer Reise nach Istanbul einen Besuch des Fethiye-Museums und des Chora-Museums auf Ihre To-Do-Liste zu setzen.