Chiar dacă arhitectura sa a rămas aceeași ca în perioada construirii sale, bisericii i-a fost adăugată o capelă funerară la sfârșitul invaziei latine din secolul al XIII -lea.
După recucerire, biserica a fost păstrată de creștini și folosită ca mănăstire. În 1455 , patriarhia a fost mutată aici și și-a continuat slujba ca patriarhie până în 1586. Între anii 1574-1595 , biserica a fost transformată în moschee de către sultanul Murat al III-lea și a primit numele de Fethiye. După fondarea republicii, o parte a moscheii a fost transformată în Muzeul Fethiye , iar muzeul a fost transformat într-o unitate a Muzeului Sfânta Sofia după ce a fost reparat în 1938-1940.
Dacă sunteți un fan al frescelor din secolul al XIV-lea, vă recomandăm să includeți o vizită la Muzeul Fethiye și Muzeul Chora în lista de activități în timp ce vă planificați călătoria la Istanbul.
