Παρόλο που η αρχιτεκτονική της παραμένει η ίδια με την εποχή που χτίστηκε, ένα ταφικό παρεκκλήσι προστέθηκε στην εκκλησία στο τέλος της λατινικής εισβολής τον 13ο αιώνα.
Μετά την ανακατάληψη, η εκκλησία διατηρήθηκε από Χριστιανούς και χρησιμοποιήθηκε ως μοναστήρι. Το 1455 το πατριαρχείο μεταφέρθηκε εδώ και συνέχισε την υπηρεσία του ως πατριαρχείο μέχρι το 1586. Μεταξύ των ετών 1574 - 1595 , η εκκλησία μετατράπηκε σε τζαμί από τον Σουλτάνο Μουράτ Γ΄ και της δόθηκε το όνομα Φετιχιέ. Μετά την ίδρυση της δημοκρατίας, ένα μέρος του τζαμιού μετατράπηκε σε Μουσείο Φετιχιέ και το μουσείο μετατράπηκε σε μονάδα του Μουσείου της Αγίας Σοφίας μετά από επισκευές το 1938 - 1940.
Αν είστε λάτρης των τοιχογραφιών του 14ου αιώνα, συνιστάται ανεπιφύλακτα να βάλετε μια επίσκεψη στο Μουσείο Φετιγιέ και το Μουσείο Χώρας στη λίστα εργασιών σας ενώ σχεδιάζετε το ταξίδι σας στην Κωνσταντινούπολη.
