Yapının mimarisi inşa edildiği zamankiyle aynı kalmış olsa da, 13. yüzyılda Latin istilasının sonunda kiliseye bir mezar şapeli eklenmiştir.
Yeniden fetih sonrasında kilise Hristiyanların elinde kaldı ve manastır olarak kullanıldı. 1455 yılında patrikhane buraya taşındı ve 1586 yılına kadar patrikhane olarak hizmet vermeye devam etti. 1574-1595 yılları arasında Sultan III. Murat tarafından camiye çevrildi ve Fethiye adını aldı. Cumhuriyetin kurulmasından sonra caminin bir kısmı Fethiye Müzesi'ne dönüştürüldü ve müze , 1938-1940 yılları arasında onarıldıktan sonra Ayasofya Müzesi'nin bir parçası haline getirildi.
14. yüzyıl fresklerine meraklıysanız, İstanbul gezinizi planlarken Fethiye Müzesi ve Kariye Müzesi'ni mutlaka yapılacaklar listenize eklemenizi tavsiye ederiz.
