Η εκκλησία πήρε το όνομά της από έναν άγιο που εκείνη την εποχή εργαζόταν για την εξάπλωση του Χριστιανισμού. Μια ομάδα ειδωλολατρών προσπάθησε να σκοτώσει την Αγία Ειρήνη ρίχνοντάς την πρώτα σε ένα πηγάδι γεμάτο φίδια και αργότερα σέρνοντάς την στο έδαφος ενώ τον λιθοβολούσαν.
Αλλά παρά τις προσπάθειες των ειδωλολατρών, η Ειρήνη επέζησε ως εκ θαύματος. Βλέποντας αυτά τα υπερφυσικά γεγονότα, η πλειοψηφία των ειδωλολατρών ασπάστηκε τον Χριστιανισμό και η Ειρήνη έγινε αγία στα μάτια του λαού. Ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος, ο οποίος διέδωσε τον Χριστιανισμό ως την ενιαία θρησκεία της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας , ονόμασε την εκκλησία του προς τιμήν αυτής της αγίας.
Η εκκλησία χτίστηκε αρχικά από ξύλο, αλλά κάηκε ολοσχερώς κατά τη διάρκεια της Επανάστασης της Νίκης το 532. Αν και ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός ανακαίνισε την Αγία Ειρήνη μαζί με την Αγία Σοφία, αργότερα υπέστη σημαντικές ζημιές από πυρκαγιές και σεισμούς.
Ευτυχώς, η εκκλησία ανακαινιζόταν κάθε φορά που υπέστη ζημιές και, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, παρέμεινε εντός των τειχών της αυλής του Τοπ Καπί. Για μεγάλο χρονικό διάστημα, η Αγία Ειρήνη χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη όπλων· τελικά, το 1869 , μετατράπηκε σε μουσείο.
Έτσι, έγινε το πρώτο μουσείο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και χρησιμοποιήθηκε ως τέτοιο για αρκετά μεγάλο χρονικό διάστημα. Επιπλέον, είναι η μόνη εκκλησία που σώζεται σήμερα με αίθριο (με άλλα λόγια, φωτίζεται από ψηλά μέσω μικρών παραθύρων).
Αυτό το αιθέριο κτίριο μπορεί να περιηγηθεί μόνο με ειδική άδεια, την οποία μπορείτε να αποκτήσετε στο Μουσείο της Αγίας Σοφίας. Λόγω της εξαιρετικής ακουστικής του, συχνά φιλοξενεί μια ποικιλία συναυλιών και πολιτιστικών/καλλιτεχνικών εκδηλώσεων. (Μην ανησυχείτε αν δεν μπορείτε να βρείτε μια συναυλία στην εκκλησία της Αγίας Ειρήνης ενώ σχεδιάζετε το ταξίδι σας στην Κωνσταντινούπολη, υπάρχουν άπειρες εκδηλώσεις στην Κωνσταντινούπολη!)
