La iglesia debe su nombre a un santo que en aquella época trabajaba por la difusión del cristianismo. Un grupo de paganos intentó matar a Santa Irene arrojándola primero a un pozo lleno de serpientes y luego arrastrándola por el suelo mientras lapidaban.
Pero a pesar de los esfuerzos de los paganos, Irene sobrevivió milagrosamente. Tras presenciar estos sucesos sobrenaturales, la mayoría de los paganos se convirtieron al cristianismo e Irene fue venerada como santa. El emperador Constantino, quien impulsó el cristianismo como la única religión del Imperio Romano , nombró su iglesia en honor a esta santa.
La iglesia fue construida originalmente de madera, pero se incendió durante la revuelta de Nike en el año 532. Aunque el emperador Justiniano mandó restaurar Santa Irene junto con Santa Sofía, posteriormente sufrió importantes daños a causa de incendios y terremotos.
Afortunadamente, la iglesia fue restaurada cada vez que sufrió daños y, tras la conquista de Constantinopla, permaneció dentro de los muros del patio del Palacio Topkapi. Durante un largo período, Santa Irene se utilizó como depósito de armas; finalmente, en 1869 , se convirtió en museo.
De este modo, se convirtió en el primer museo del Imperio Otomano y ha funcionado como tal durante mucho tiempo. Además, es la única iglesia que se conserva hoy en día con un atrio (es decir, está iluminada desde arriba a través de pequeñas ventanas).
Este edificio etéreo solo se puede recorrer con un permiso especial, que se puede adquirir en el Museo Hagia Sofia. Debido a su extraordinaria acústica, suele albergar una gran variedad de conciertos y eventos culturales/artísticos. (No se preocupe si no puede encontrar un concierto en la iglesia de St. Irene mientras planifica su viaje a Estambul, ¡hay infinitos eventos en Estambul!)
