Kościół bierze swoją nazwę od świętej, która w tamtym czasie pracowała na rzecz szerzenia chrześcijaństwa. Grupa pogan próbowała zabić Święta Irena najpierw wrzucając go do studni pełnej węży, a później wlecząc go po ziemi, kamienując.
Ale pomimo wysiłków pogan, Irena cudem przeżyła. Widząc te nadprzyrodzone zdarzenia, większość pogan nawróciła się na chrześcijaństwo, a Irena stała się świętą w oczach ludzi. Cesarz Konstantyn, który propagował chrześcijaństwo jako jedyną religię Cesarstwo Rzymskie, nazwał swój kościół imieniem tej świętej.
Kościół został pierwotnie zbudowany z drewna, ale spłonął podczas Powstanie Nika z 532. Chociaż Cesarz Justynian odrestaurował kościół św. Ireny wraz z Hagia Sofia, później doznał on znacznych zniszczeń w pożarach i trzęsieniach ziemi.
Na szczęście kościół był każdorazowo odnawiany po uszkodzeniach, a po zdobyciu Konstantynopola pozostał w obrębie murów dziedzińca Pałacu Topkapı. Przez długi czas kościół św. Ireny był używany jako skład broni; w końcu, w 1869, został przekształcony w muzeum.
W ten sposób stało się pierwszym muzeum Imperium Osmańskiego, i był używany w ten sposób przez dość długi czas. Ponadto jest to jedyny kościół zachowany do dziś z atrium (innymi słowy, jest oświetlony od góry przez małe okna).
Ten eteryczny budynek można zwiedzać tylko za specjalnym pozwoleniem, które można uzyskać w Muzeum Hagia Sofia. Ze względu na swoją niezwykłą akustykę, często gości różnorodne koncerty i wydarzenia kulturalne/artystyczne. (Nie martw się, jeśli nie znajdziesz koncertu w Kościele św. Ireny podczas planowania podróży do Stambułu, w Stambule jest nieskończenie wiele wydarzeń!)
