Bayezid Camii, kompleksin merkezinde yer almaktadır. Ana kubbesi 16.78 metre çapındadır ve dört sütunla desteklenmektedir. Taş ve ahşap işçiliği ile vitrayları sanatsal birer başyapıttır. Avlu döşeme malzemeleri ve abdest alma yeri olarak kullanılan sütunlar, Bizans kalıntılarından geri kazanılmıştır. Özellikle bu sütunlar, Bizans işçiliğinin kalitesini göstermektedir.
Camiye ait aşevi ve kervansaray, caminin solunda yer almaktadır ve günümüzde Bayezid Devlet Kütüphanesi tarafından kullanılmaktadır . Türk Kaligrafi Vakfı, caminin en sağında bulunan medreseyi müze olarak kullanmaktadır. Hamam ise medreseden uzakta, Ordu Caddesi üzerinde, Edebiyat Bölümü'nün yanında bulunmaktadır.
Türbeler caminin Kıble tarafında bulunmaktadır . Sultan II. Bayezid , kızı Selçuk Hatun ve Tanzimat Fermanı'nın mimarı Mustafa Reşit Paşa burada gömülüdür.
Bu güzel camiyi anlatmaya kelimeler yetmez, neden en iyi konaklama fırsatlarıyla İstanbul'a bir gezi planlamıyorsunuz?