Die Bayezid-Moschee bildet das Zentrum der Anlage. Ihre Hauptkuppel hat einen Durchmesser von 16.78 Metern und wird von vier Säulen getragen. Die Stein- und Holzarbeiten sowie die Buntglasfenster sind künstlerische Meisterwerke. Die Pflastersteine des Innenhofs und die Säulen, die als Waschbecken dienten, stammen aus byzantinischen Ruinen. Insbesondere diese Säulen zeugen von der hohen Qualität byzantinischer Handwerkskunst.
Die Suppenküche und die Karawanserei befinden sich links von der Moschee und werden heute von der Bayezid-Staatsbibliothek genutzt . Die Türkische Stiftung für Kalligrafie nutzt die Medrese weit rechts von der Moschee als Museum. Das Hamam liegt weit entfernt von der Medrese in der Ordu-Straße neben dem Literaturinstitut.
Gräber befinden sich auf der Kiblah- Seite [ Mekka ] der Moschee. Sultan Bayezid II. , seine Tochter Selçuk Hatun und der Architekt von Tanzimat Fermanı, Mustafa Reşit Paşa, sind hier begraben.
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