La moschea di Bayezid si trova al centro del complesso. La sua cupola principale ha un diametro di 16.78 metri ed è sorretta da quattro pilastri. La lavorazione della pietra e del legno, così come le vetrate, sono veri capolavori artistici. I materiali utilizzati per la pavimentazione del cortile e i pilastri adibiti a vasca per le abluzioni provengono da rovine bizantine. Questi pilastri, in particolare, testimoniano l'eccellenza della lavorazione bizantina.
La mensa dei poveri e il caravanserraglio si trovano a sinistra della moschea e sono oggi utilizzati dalla Biblioteca di Stato Bayezid . La Fondazione Turca di Calligrafia utilizza la madrasa, situata all'estrema destra della moschea, come museo. L'hammam si trova lontano dalla madrasa, in via Ordu, accanto al Dipartimento di Letteratura.
Le tombe si trovano sul lato Kiblah [ La Mecca ] della moschea. Qui sono sepolti il sultano Bayezid II , sua figlia Selçuk Hatun e l'architetto di Tanzimat Fermanı, Mustafa Reşit Paşa.
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