La Mezquita de Bayezid se encuentra en el centro del complejo. Su cúpula principal tiene 16.78 metros de diámetro y está sostenida por cuatro pilares. La talla en piedra y madera, así como las vidrieras, son auténticas obras maestras artísticas. Los materiales del pavimento del patio y los pilares utilizados como depósito para las abluciones fueron recuperados de ruinas bizantinas. Estos pilares, en particular, demuestran la calidad de la artesanía bizantina.
El comedor social y el caravasar se encuentran a la izquierda de la mezquita y actualmente albergan la Biblioteca Estatal Bayezid . La Fundación Turca de Caligrafía utiliza la madraza, situada a la derecha de la mezquita, como museo. El hammam se encuentra lejos de la madraza, en la calle Ordu, junto al Departamento de Literatura.
Las tumbas se encuentran en el lado de la Kiblah [ La Meca ] de la mezquita. Aquí están enterrados el sultán Bayezid II , su hija Selçuk Hatun y el arquitecto de Tanzimat Fermanı, Mustafa Reşit Paşa.
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