Según la tradición popular, Kılıç Ali Paşa le pidió al sultán Murad III un terreno para construir una mezquita. El sultán le respondió que debía construirla en el mar, ya que Kılıç Ali Paşa era un gran almirante. Esto explica por qué se utilizó tierra de relleno para crear un promontorio en la costa y por qué el complejo se construyó en ese lugar. Un gran patio rodea la mezquita y un tejado inclinado cubre el área de reunión, con elaboradas tallas en las tres puertas del jardín interior. Sobre las ventanas hay versículos coránicos pintados en paneles de cerámica.
En el jardín hay una fuente con ocho columnas de mármol y una cúpula. La mezquita tiene un diseño rectangular y es una ampliación de la Mezquita de Santa Sofía. La parte superior de las ventanas está adornada con azulejos y la cúpula principal descansa sobre cuatro columnas de mármol con forma de pata de elefante. Esta se apoya en el este y el oeste sobre dos semicúpulas. En cada una de las cuatro esquinas se ubica una pequeña cúpula y azulejos de colores con motivos florales decoran el interior de la mezquita. La cúpula principal tiene veinticuatro ventanas, lo que eleva el total de ventanas del edificio a 147. En 1948 , la linterna de barco del siglo XVI , que colgaba de la cúpula principal, fue trasladada al Museo Naval de Estambul. A la derecha se alza un minarete con balcón. La tumba de Kılıç Ali Paşa se encuentra en el jardín orientado al este. Junto al muro del jardín que da a la calle hay una fuente. El hammam, situado a la derecha de la mezquita, todavía se utiliza hoy en día. La escuela está situada en la costa, junto al hammam.
