Conform folclorului, Kılıç Ali Pașa i-a cerut sultanului Murat al III-lea să-i dea terenul pe care să construiască o moschee. Sultanul a răspuns că ar trebui să construiască o moschee în mare, deoarece Kılıç Ali Pașa era un amiral atât de mare. Aceasta explică de ce s-a folosit groapa de gunoi pentru a crea un promontoriu pe coastă, iar complexul a fost construit în acea poziție. O curte mare înconjoară moscheea, iar un acoperiș în pantă acoperă zona de adunare, cu sculpturi ornamentate pe cele trei uși ale grădinii interioare. Deasupra ferestrelor există versete coranice pictate pe panouri ceramice.
În grădină se află o fântână cu opt coloane de marmură și o cupolă acoperitoare. Moscheea are un design dreptunghiular și este un plan mărit al Moscheii Haghia Sophia. Partea superioară a ferestrelor este împodobită cu plăci ceramice, iar cea mai mare cupolă se sprijină pe patru coloane de marmură în formă de picior de elefant. Aceasta este susținută în est și vest de două semicipole. În fiecare dintre cele patru colțuri se află câte o mică cupolă, iar plăci ceramice colorate cu motive florale decorează interiorul moscheii. Cea mai mare cupolă are douăzeci și patru de ferestre, ceea ce a dus la 147 de ferestre ale clădirii. În 1948 , felinarul navei din secolul al XVI -lea - care atârna de cupola principală - a fost mutat la Muzeul Naval din Istanbul. În partea dreaptă se ridică un minaret cu balcon. Mormântul lui Kılıç Ali Pașa este situat în grădină, orientată spre est. Lângă zidul grădinii, orientat spre stradă, se află o fântână. Hamamul din partea dreaptă a moscheii este încă în uz astăzi. Școala este situată pe malul mării, în cadrul hamamului.
