Der Legende nach bat Kılıç Ali Pascha Sultan Murat III. um Land für den Bau einer Moschee. Der Sultan erwiderte, er solle die Moschee im Meer errichten, da Kılıç Ali Pascha ein so bedeutender Admiral sei. Dies erklärt, warum durch Landgewinnung ein Vorgebirge an der Küste geschaffen und der Komplex dort errichtet wurde. Ein großer Innenhof umgibt die Moschee, und ein schräges Dach überspannt den Versammlungsraum. Die drei Türen zum inneren Garten sind mit kunstvollen Schnitzereien verziert. Über den Fenstern befinden sich auf Keramiktafeln gemalte Koranverse .
Im Garten befindet sich ein Brunnen mit acht Marmorsäulen und einer Kuppel. Die Moschee basiert auf einem rechteckigen Grundriss und ist eine vergrößerte Version der Hagia Sophia. Die Fenster sind oben mit Fliesen verziert, und die größte Kuppel ruht auf vier elefantenbeinförmigen Marmorsäulen. Im Osten und Westen wird sie von zwei Halbkuppeln gestützt. In jeder der vier Ecken befindet sich eine kleine Kuppel, und farbige Fliesen mit Blumenmotiven schmücken das Innere der Moschee. Die größte Kuppel besitzt 24 Fenster, wodurch sich die Gesamtzahl der Fenster des Gebäudes auf 147 beläuft. 1948 wurde die Schiffslaterne aus dem 16. Jahrhundert, die von der Hauptkuppel herabhing, in das Istanbuler Marinemuseum verlegt. Rechts erhebt sich ein Minarett mit Balkon. Das Grabmal von Kılıç Ali Paşa befindet sich im Garten und ist nach Osten ausgerichtet. An der Gartenmauer zur Straße hin befindet sich ein Brunnen. Das Hamam auf der rechten Seite der Moschee wird noch heute genutzt. Die Schule befindet sich am Meer, direkt neben dem Hamam.
