En reconnaissance de leur soutien durant la guerre, la communauté juive obtint le droit de posséder sa propre synagogue et son rabbin fut traité avec bienveillance. Un lieu de culte fut attribué à la communauté turco-juive de Karayim, à l'emplacement actuel de la mosquée Arpacılar.
Dès son entrée en fonction, le sultan Mehmed le Conquérant entreprit la restauration de nombreux sites détruits pendant la guerre. La première grande opération de rénovation fut la reconstruction des remparts ravagés lors de la conquête. Le sultan Mehmed le Conquérant acquit l'église Sainte-Sophie, alors en ruine, et la fit restaurer. Il la transforma ensuite en mosquée.
Tandis qu'Istanbul était en pleine reconstruction, de nouveaux quartiers résidentiels étaient créés pour restructurer la ville. Les maisons inoccupées étaient attribuées à ceux qui avaient rendu des services pendant la guerre, ainsi qu'à toute personne souhaitant s'y installer. Les populations musulmanes d' Anatolie et de Roumélie furent encouragées à s'installer à Istanbul. Face à l'échec de cette initiative, des firmans du sultan furent envoyés dans les villes, annonçant l'exil à Istanbul d'un certain nombre de personnes de chaque classe sociale. Des chrétiens et des juifs de diverses régions furent également accueillis et logés dans des quartiers spécifiques de la ville.
À la fin de l'année 1457 , de nouveaux immigrants s'installèrent à Istanbul suite au grand incendie qui ravagea l'ancienne capitale, Edirne . En 1459 , la ville fut divisée en quatre régions administratives, chacune présentant des caractéristiques démographiques distinctes, et devint la plus grande ville d' Europe cinquante ans après sa conquête.
Istanbul, devenue une ville florissante au tournant du XVIe siècle, subit d'importants dégâts lors du tremblement de terre du 14 septembre 1509 , également connu sous le nom de Petit Jugement dernier . Ce séisme, qui dura 45 jours, détruisit des milliers d'édifices. En 1510 , le sultan Bayezid II entreprit la reconstruction complète d'Istanbul , mobilisant 80 000 personnes.
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