Aufgrund ihrer unterstützenden Haltung während des Krieges wurde der jüdischen Gemeinde das Recht auf eine eigene Synagoge gewährt, und ihr Rabbiner wurde mit Freundlichkeit behandelt. Der türkisch-jüdischen Gemeinde Karayim wurde ein Gotteshaus zugewiesen, wo sich heute die Arpacılar-Moschee befindet.
Als erste Amtshandlung ließ Sultan Mehmed der Eroberer zahlreiche im Krieg zerstörte Stätten wiederaufbauen. Die erste größere Maßnahme war der Wiederaufbau der während der Eroberung zerstörten Mauern. Sultan Mehmed der Eroberer erwarb die verfallene und vernachlässigte Sophienkirche und ließ sie restaurieren. Anschließend wandelte er sie in eine Moschee um.
Während Istanbul einerseits wiederaufgebaut wurde, entstanden andererseits neue Wohngebiete zur Umstrukturierung der Stadt. Unbewohnte Häuser wurden an Kriegsveteranen und an alle, die einziehen wollten, vergeben. Die muslimische Bevölkerung aus Anatolien und Rumelien wurde zur Zuwanderung in die Stadt ermutigt. Als dies nicht wie geplant verlief, wurden Sultans Erlasse an die Städte gesandt, in denen die Verbannung einer bestimmten Anzahl von Menschen jeder Gesellschaftsschicht nach Istanbul angeordnet wurde. Christen und Juden aus verschiedenen Regionen wurden in die Stadt gebracht und in bestimmten Stadtteilen untergebracht.
Ende 1457 kamen aufgrund des großen Brandes in der alten Hauptstadt Edirne neue Einwanderer nach Istanbul . 1459 wurde die Stadt in vier Verwaltungsbezirke mit jeweils unterschiedlichen demografischen Besonderheiten aufgeteilt und avancierte fünfzig Jahre nach der Eroberung zur größten Stadt Europas .
Istanbul, das sich um die Wende zum 16. Jahrhundert zu einer gewaltigen Stadt entwickelt hatte, wurde durch das Erdbeben vom 14. September 1509 , auch bekannt als das Kleine Jüngste Weltuntergangsbeben, schwer beschädigt . In dem 45 Tage andauernden Beben wurden Tausende von Gebäuden zerstört. 1510 wurde Istanbul unter Sultan Bayezid II. mit 80.000 Beschäftigten nahezu vollständig wiederaufgebaut .
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