Yapımı 1136 yılında tamamlandı . 1204'teki Latin istilası sırasında Katolik rahipler bu manastırı yeniden kutsadı. Daha sonra, Konstantinopolis'in fethinden sonra Sultan Mehmet Fatih , manastırı medreseye, kilisesini ise camiye dönüştürdü.
Cami, adını ilk hocası Molla Zeyrek Mehmet Efendi'den almıştır. 18. yüzyılın sonlarında ciddi onarımlardan geçen cami , 1966 yılında restore edilmiştir . Şu anda yeniden ciddi bir tadilattan geçmekte olup, tamamlanana kadar kapalıdır.
Birbirine bitişik üç yapıdan oluşan yapı tuğla ve kiremitten yapılmıştır. Yapının çatısı beş kubbeyle örtülmüştür. Tek şerefeli minaresi bulunmaktadır. Restorasyon sırasında ortaya çıkan yer döşemeleri, bu süsleme sanatının eşsiz örneklerinden biri olup, muhteşem güzelliktedir.
Zeyrek Camii
Zeyrek Camii, Fatih ilçesi Zeyrek'te, İbadethane Caddesi üzerinde, Haliç'e bakan bir noktada yer almaktadır . Günümüzde cami olarak kullanılan bina, aslen İyonnes Komnenos'un eşi Eirene tarafından yaptırılan, o dönemin İstanbul'unun en büyük manastırlarından biri olan Pantokrator Manastırı'nın kilisesiydi.
Yapının inşası 1136 yılında tamamlandı. Latin istilası sırasında bu manastır Katolik rahipler tarafından ele geçirildi. İstanbul'un fethinden sonra ise Sultan Fatih Sultan Mehmed tarafından manastır medreseye, kilisesi ise camiye dönüştürüldü.
Cami, adını ilk hocası Molla Zeyrek Mehmet Efendi'den almıştır . 18. yüzyılın sonlarında ciddi onarımlardan geçen cami, 1966'dan itibaren büyük ölçüde restore edilmiştir. Ancak şu anda tekrar bakım ve onarıma ihtiyaç duymaktadır.
Birbirine bitişik üç yapıdan oluşan yapı kiremitten yapılmıştır. Yapının çatısı beş kubbeyle örtülmüştür. Tek şerefeli minaresi bulunmaktadır. Restorasyon sırasında ortaya çıkan yer döşemeleri o dönemden günümüze ulaşan eşsiz örneklerden biri olup, muhteşem güzelliktedir.