Строежът му е завършен през 1136 г. По време на латинското нашествие през 1204 г. католически свещеници преосветяват този манастир. След завладяването на Константинопол, султан Мехмед Завоевателя превръща манастира в медресе, а църквата му - в джамия.
Получава името си от първия си професор Мола Зейрек Мехмет Ефенди . Джамията, която претърпява сериозен ремонт в края на 18 век, е реставрирана през 1966 г. В момента отново претърпява сериозен ремонт и е затворена до завършването му.
Сградата, която се състои от три съседни постройки, е изградена от тухла и керемиди. Покривът на сградата е покрит с пет купола. Има минаре с един балкон. Подовата облицовка, открита при реставрация, е един от несравнимите образци на тази форма на декоративно изкуство и е с удивителна красота.
Зейрек джамия
Джамията Зейрек се намира в квартал Фатих , Зейрек, на улица Ибадетан, на място с изглед към Златния рог. Сградата, която в момента се използва като джамия, първоначално е била църквата на манастира Пантократор, един от най-големите манастири в Истанбул по онова време, поръчан от съпругата на Йонис Комнин, Ейрена.
Строежът на сградата е завършен през 1136 г. По време на латинското нашествие, този манастир е превзет от католически свещеници. А след завладяването на Истанбул, манастирът е превърнат в медресе, а църквата му - в джамия от султан Мехмед Завоевателя.
Тя е получила името си от първия си професор Мола Зейрек Мехмет Ефенди . Джамията, която е претърпяла сериозен ремонт в края на 18 век, е реставрирана в по-голямата си част от 1966 г. Въпреки това, в момента тя отново се нуждае от поддръжка и ремонти.
Сградата, която се състои от три съседни постройки, е от керемиди. Покривът на сградата е покрит с пет купола. Има минаре с един балкон. Подовите плочки, открити по време на реставрацията, са един от несравнимите примери от този период до днес и са с удивителна красота.