這座位於巴耶濟德廣場的清真寺由蘇丹巴耶濟德二世下令建造，並於1500年至1505年間竣工。最初人們認為它的設計者是建築師錫南·海雷丁或凱末爾丁，但後來的研究表明，設計者可能是雅庫布沙·本·蘇丹。建築群包括一座清真寺、一間廚房、一所小學、一所醫院、一所伊斯蘭學校、一間土耳其浴室、一間救濟窮人的施粥處和一座商隊旅館。與先前的信仰中心不同，它的建造並非對稱，而是採用了一種看似隨興的風格。
巴耶濟德清真寺位於整個建築群的中心。其主穹頂直徑16.78米，由四根柱子支撐。清真寺的石雕、木雕工藝和彩色玻璃窗堪稱藝術傑作。庭院的鋪路材料和用作淨身池的柱子均取自拜占庭遺址。這些柱子尤其展現了拜占庭製程的精湛技藝。
清真寺左側是施粥處和商隊旅館，如今是巴耶濟德國家圖書館的所在地。土耳其書法基金會將清真寺右側遠處的伊斯蘭學校（經學院）用作博物館。土耳其浴室（土耳其浴）則位於遠離經學院的奧爾杜街，緊鄰文學系。
在清真寺的基布拉（麥加）一側發現了墳墓。蘇丹巴耶濟德二世、他的女兒Selçuk Hatun和Tanzimat Fermanı的建築師Mustafa Reşit Paşa都安葬於此。
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