Cette mosquée, située à Place Bayezid, a été construit par Sultan Bayézid II et achevé dans les années 1500-1505. On pensait à l'origine qu'il avait été conçu par Architecte Sinan Hayreddin or Architecte Kemaleddin mais des recherches ultérieures suggèrent que l'architecte aurait pu être Yakubşah Bin Sultan. Le complexe est composé d'une mosquée, d'une cuisine, d'une école primaire, d'un hôpital, d'une médresse, d'un hammam, d'une soupe populaire pour les pauvres et d'un caravansérail. Il diffère du centre religieux qui l'a précédé par le fait qu'il n'a pas été construit de manière symétrique, mais dans un style apparemment aléatoire.

Mosquée Bayezid est au centre du complexe. Son dôme principal est 16.78 mètres de diamètre et est soutenu par quatre piliers. L'artisanat de la pierre et du bois ainsi que les vitraux sont des chefs-d'œuvre artistiques. Les matériaux de pavage de la cour et les piliers utilisés comme réservoir pour les ablutions ont été récupérés sur des ruines byzantines. Ces piliers démontrent notamment la qualité de l'exécution byzantine.

La soupe populaire et le caravansérail se trouvent à gauche de la mosquée et sont aujourd'hui utilisés par les Bibliothèque d'État Bayezid. La Fondation Turque de Calligraphie utilise la medresse située à l'extrême droite de la mosquée comme musée. Le hammam est loin de la medresse, dans la rue Ordu à côté du département de littérature.

Des tombes se trouvent sur Kiblah [Mecque] côté de la mosquée. Sultan Bayézid II, sa fille Selçuk Hatoun et architecte de Tanzimat Fermanı, Mustafa Reşit Paşa, sont enterrés ici.

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